У Закарпатському обласному еколого-натуралістичному центрі працює чотири відділи, з яких два профільні та два загальні

Фахові:

- відділ екології та природоохоронної роботи,

- відділ біології та дослідно-експериментальної роботи

Загальні:

Просвітницьким та пропагандистським центром є відділ інформаційно-методичної роботи

За організацію та проведення екологічних та патріотичних свят, різних заходів відповідає відділ організаційно - масової роботи.